Дифференциальные диагнозы при пузырчатке обыкновенной у собак и кошек включают буллезный пемфигоид, системную эритематозную волчанку, мультиформную эритему и токсический эпидермальный некролиз, медикаментозный дерматит, инфекции (бактериальная, грибковая), васкулит и кожную эпителиотропную лимфому.